На классификации биологических объектов сильно сказалась методологическая установка, зародившаяся в 50-е годы и получившая название кладистика. Согласно традиционным принципам, крупная таксономическая категория, например, ранга класса или типа, характеризуется ароморфозом - важным преобразованием, определяющим экологическую нишу группы. Например, класс птицы обязан своим возникновением преобразованию передних хватательных конечностей в крылья (араморфоз) и характерные черты перестройки скелета и внутренних органов птиц легко выводятся как приспособления (адаптации) к полету. Кладисты же исследуют не ароморфозы, а точки ветвления родословного дерева. При этом приспособительное значение признаков, определяющих группу, не принимается во внимание. "К адаптивным признакам кладист относится зачастую как к ненужному и даже вредному балласту, затушевывающему истинные родственные отношения, которые устанавливаются с тем большей вероятностью, чем меньшее адаптивное значение они имеют" (Мирабдуллаев, 1994). Кладистический анализ - это анализ последовательности ветвлений родословного дерева. Птицы - дочерняя ветвь текодонтных рептилий и ближайшими их соседями из ныне живущих (до предшествующей точки ветвления) являются крокодилы. Согласно традициям ортодоксальной кладистики, сестринские группировки, возникшие в результате ветвления, должны иметь одинаковый ранг, следовательно, крокодилы, как и птицы, должны считаться классом, а вся ветвь текодонтов - как минимум, надклассом.
Итак, если сестринским ветвям придавать одинаковый ранг, то можно построить непротиворечивую систематику. Однако на практике это будет означать признание одинаковой скорости эволюции в сестринских группах, равного его качества. Совершенно очевидно, что это слишком жёсткое допущение. Однако однозначно оценить качество эволюции тоже невозможно, следовательно, субъективный элемент в классическом ранжировании таксонов сохраняется.
Если посмотреть под этим углом зрения на систематику низших эукариот, то получается сходная картина. Многоклеточные животные - признанное царство, но возникли они много позже эвгленовых. Следует ли эвгленовых тоже считать царством?
Предпочтение методов кладистической систематики (выбор вертикальной оси) традиционным (горизонтальная ось) порождает проблему множественности царств.
Не следует забывать, что единственной объективной, (т. е. реально существующей в природе и однозначно определяемой) систематической категорией является вид. Это значит, что постановка вопроса "является ли данный таксон классом или типом в действительности?" не имеет смысла, так как и класс и тип принципиально неопределяемы. Эта ситуация получила официальное оформление в Кодексах биологических номенклатур как принцип свободы систематики - никакая система не имеет формальных преимуществ перед любой иной. Выбор системы осуществляется научным сообществом, исходя из сложившихся методологических установок.